SMP Nusaibah Leadership Islamic Boarding School Lembaga menerapkan sistem pembelajaran yang holistik dan komprehensip yakni perpaduan antara kurikulum diknas, kurikulum kepesantrenan dan kurikulum leadership dengan pendekatan pembelajaran yg berpusat pada anak (Student Center) melalui penerapan model problem based learning, konstektual learning dan pembelajaran bermakna yang diaplikasikan dalam kehidupan sehari-hari, guna terwujudnya karakteristik siswa yang berakhlak mulia, bertanggung jawab, disiplin, mandiri, kreatif dan produktif